Doch, ich denke, das passt schon hierher.
Natürlich ist es ein wenig schwer, so aus deiner Beschreibung etwas zu sagen. Vielleicht kannst du dich mal filmen?
Spontan würde ich jetzt annehmen, dass deine Stute durchs Clickern in einen gewissen angespannten Zustand gerät (das muss nicht negativ sein), der dazu führt, dass sie die Ohren anlegt. Manche Pferde legen beim CT überhaupt die Ohren an, aber nicht, weil sie aggressiv sind, sondern weil das Clickern sie in einen gewissen Erregungszustand versetzt. Möglich, dass sich das bei deiner Stute durch die Bewegung potenziert.
Wenn du den Eindruck hast, sie würde dich jagen, kann das gut sein. Immerhin will sie den Click haben und das damit verbundene Guts und das bitte schnell. Schon verständlich, dass sie sich da hochzieht.
Ich würde nicht unbedingt aufhören, das Traben zu clickern, aber ich würde ein paar Sachen beachten. Und zwar würde ich nicht clicken, dass sie dir hinterhertrabt. An der Longe oder wenn sie um dich herum läuft, okay, aber das Hinterhertraben lass lieber, wenn du dich dabei unsicher fühlst. Oder du nimmst sie an den Strick und clickst nicht nur traben, sondern auch ordentlich auf Abstand traben.
Und wenn sie deine Hand mitfressen möchte, übst du konsequent Höflichkeit. Es ist zwar so, dass nach jedem Click ein Leckerli kommen muss, aber das Pferd kann das bitte schön anständig nehmen.

Das lernt sie dann sicher sehr flott.
So, ich hoffe, ich konnte helfen.